如何查看编辑DNA测序结果？——Chromas使用全教程

• 阅读： 2023/7/11 10:40:31

  做过分子克隆的同学一定熟悉DNA峰图，Chromas用来查看和编辑DNA的峰形图，图谱文件一般是.ab1或者.scf格式的。本文介绍Chromas软件的全功能教程（其实Chromas的功能很简单，但是非常实用）

  1 首先我们下载Chromas软件，Chromas软件很小，不到1M，并且是免安装版本，下载即用。

  2 选择File菜单打开一个序列文件，或者直接通过Open打开。

  3 一般测序中一个反应大概能测的长度为800左右，由于荧光染料的干扰和机器性能，测序结果在最开始和最后面的时候有几十个碱基不准确，如下图中红框的部分。评判测序结果的时候可以忽略前50个和后50个碱基。

  4 我们通过工具栏的缩放工具，可以放大或者缩小整个视图：

  通过上图可以看出，不同碱基对应不同的颜色。

  5 通过工具栏的“Find"工具，可以查找某个序列：

  6 通过“File”菜单栏的BlastSearch可以直接连接在线数据库，将序列进行Blast，省去了我们打开NCBI等数据库然后复制序列再比对的麻烦：

  点击OK之后出现如下界面，然后点击“Viewreport”即可。

  7 Chromas还自带序列翻译蛋白质功能，点击“Options->ShowTranslations->All”显示三条蛋白质翻译序列。这里之所以显示三条，是因为Chromas不知道你的序列翻译的起始位点，所以如果你的序列是cDNA序列，那么这三条蛋白质序列中总有一条是你想要的，这在我们做蛋白质点突变的时候非常有用。当然如果你的是启动子等其他序列，这个功能是多余的。

  8 我们可以将序列导出，并且可以设置导出的间隔、分行、以及是否显示序号，下面的设置中代表每60个碱基一行。

  9 当然可能会有同学想说，如果我想把测序峰图放在文章中，我该怎么弄？Chromas没有存储为图片的选项，这时可能有同学就想用截图了，这里Chromas可以存储为PDF格式，在“File”里面选择Print预览，然后选择PDF即可。

  导出来之后就得到PDF格式的峰图了，这是矢量图，可以无限放大。然后通过Photoshop做出所需要的图片。

  转自：“医学科研小坑”微信公众号

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